In Vlaanderen gaan nog regelmatig kwetsbare levensgemeenschappen in de natuur verloren als gevolg van verschillende verstorende factoren.
Ruimte voor natuur is nochtans belangrijk. Grotere oppervlakten beschermde natuur bieden beter weerstand tegen verstoringen en kunnen belangrijk zijn voor het voortbestaan van bedreigde soorten. Door recente inspanningen neemt de totale oppervlakte beschermde natuur in Vlaanderen toe. Om de milieukwaliteit in de beschermde gebieden te verbeteren, wordt aan natuurontwikkeling gedaan. De biologische meetnetten zijn echter nog onvoldoende uitgebouwd om veranderingen in de milieukwaliteit goed op te volgen.
Ook andere milieuverstoringen, zoals verontreiniging en de invasieve ontwikkeling van exotenpopulaties (dieren uit het 'buitenland'), bedreigen de natuurlijke biodiversiteit.
Het Natuurrapport (NARA) schetst tweejaarlijks de evolutie van natuur en natuurbeleid. Indicatoren over biodiversiteit zijn te vinden op www.natuurindicatoren.be.